使用微生物菌剂能补充土壤中有益微生物的数量，微生物的种类有很多，主要包括细菌、真菌、放线菌、藻类和原生动物等。数量也很庞大，1g土壤中有几亿到几百亿个。大多数的微生物对于作物的生长发育都是有益的，它们对土壤的形成发育、物质循环和肥力演变等均有重大影响
   土壤微生物重要的一个作用就是分解有机质，比如作物的残根败叶和施入土壤中的有机肥料等，只有经过土壤中微生物的作用，才能腐烂分解，将营养元素释放出来，供作物吸收利用，并形成腐殖质，改善土壤的结构和耕性。
  然后，土壤微生物还能够分解矿物质，微生物的代谢产物可以促进土壤中难溶性物质的溶解。例如磷细菌能分解出磷矿石中的磷，钾细菌可以分解出钾矿石中的钾，以便作物的吸收利用，提高土壤肥力。另外，尿素的分解利用也离不开微生物。这些土壤微生物就好比土壤中的肥料加工厂，把土壤中的矿质肥料加工成作物可以吸收利用的形态。

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