一、土壤微生物可以形成土壤结构。土壤微生物通过代谢活动的氨气和二氧化碳的交换，以及分泌的有机酸等有助于土壤粒子形成大的团粒结构，最终形成真正意义上的土壤。

二、土壤微生物最显著的成效就是分解有机质。比如作物的残根败叶和施入土壤中的有机肥料等，只有经过土壤微生物的作用，才能腐烂分解，释放出营养元素，供作物利用，并形成腐殖质，改善土壤结构和耕性。

土壤微生物还可以分解矿物质，土壤微生物的代谢产物能促进土壤中难溶性物质的溶解。如磷细菌能分解出磷矿石中的璘，钾细菌能分解出钾矿石中的钾，以利作物吸收利用，提高土壤肥力。

三、土壤微生物还有固氮作用。氮气占空气组成的4/5，但植物不能直接利用，某些微生物可借助其固氮作用将空气中的氮气转化为植物能够利用的固定态氮化物。在植物根系周围生活的土壤微生物还可以调节植物生长。

四、各种微生物之间有互惠互利的，也有相互敌对的。土壤中存在一些抗生性微生物，它们能够分泌抗生素，抑制病原微生物的繁殖，防治和减少土壤中的病原微生物对作物的危害。

五、土壤微生物还可以降解土壤中残留的有害物质。将其分解成低害甚至无害的物质，降低残毒危害。

这些所有的功能由不同种群的微生物完成，每一个功能的实现也需要有大量的微生物共同工作。土壤管理者可以根据实际情况，通过各种措施，有目的的调理土壤微生物数目和种类，制定农业生产措施；也可以根据土壤微生物客观条件制定耕作制度。通过改进施肥、栽培制度、人为引入有益的土壤微生物等措施，来恢复原有的微生物群落或增加某些功能，从而抑制作物土传病菌、提高土壤微生物多样性，从根本上防治作物土传病害、连作障碍。

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