复合菌剂的使用效果会受到不同菌种生长习性的影响，盲目的复合，极易造成菌种间的拮抗，影响效果发挥。菌衡量标准为“有效活菌数(CFU)”，单位为“亿/g或亿/ml”，数量不能代表全部，不但要看菌数量，还要看有效活菌的数量，使用后起作用的只有活菌，有益活菌数量越大效果会表现越好。

影响产品使用效果的因素除了菌的种类及数量外，菌的纯度至关重要，当产品中霉菌杂菌数及杂菌率超标时也会影响应用，国家标准规定农用微生物菌剂产品杂菌率分别为：液体≤10.0%，粉剂≤20.0%，颗粒≤30.0%;复合微生物肥料产品杂菌率标准为：液体≤15.0%，粉剂≤30.0%，颗粒≤30.0%：市场上少数不合格产品中会含有致病菌，本意是用有益菌修复土壤，使用了不合格品种，反而会引起致病菌繁殖，导致病害发生。

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