微生物的生命活动，除了会分解土壤中难溶及被固定的元素，增加营养元素的供应量，利用自然界的物质转化为植物生长所必须的物质，促进作物产量提高外，还能产生植物生长刺激素和拮抗某些致病微生物的作用，可减轻作物病虫害的发生，肥料效果的发挥与微生物菌群繁殖速度、菌群数量关系紧密，菌群生长存在周期，这一点是与化学肥料和植物调节剂的最大区别，这也就出现了微生物肥料速效性不如化学肥料与植物调节剂的现象。见效慢并无意味着菌剂及菌肥是无效果的，能在较短时间内就可以看到作物长势明显改善的品种也未必是好的菌肥或菌剂，其中也不乏一些添加了植物调节剂的品种。

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