土壤肥力由生物肥力、化学肥力、物理肥力三部分组成，使用微生物肥料后能提高土壤的生物肥力，可以间接促进化学肥力和物理肥力的提高。使用微生物肥料不能完全替代化肥，但可以提高肥料利用率，减少部分化肥的投入。

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