微生物菌肥含有大量有益微生物，能分解有机残体，形成土壤腐殖质，改善土壤结构和理化性状，可将植物不能吸收的物质转化为有效养分，供植物吸收利用。肥料进入土壤后，微生物在有机质、无机营养元素、水分、温度的协助下大量繁殖，减少了有害微生物群体的生存空间，生物菌可诱导植物的过氧化物酶、多酚氧化酶、葡聚糖酶等参与植物对有害微生物的防御反应。施用复合微生物肥料，作物生长健壮，增强作物的抗病能力，从而增加了土壤有益微生物菌的数量，微生物菌产生大量的有机酸可以把多年沉积在土壤中的磷钾元素部分溶解释放出来供作物再次吸收利用,长期使用后土壤将会变得越来越疏松和肥沃。

    微生物菌肥使用前后，运输，存放和土壤环境直接影响微生物菌肥使用效果。所以在不适宜的环境中，会导致有益微生物菌的活性降低。

    运输或存储时具体适宜的环境以及注意事项：

    注意1.光照：微生物菌忌暴晒（因为它们是在土壤中生长的）。

  注意2.温度：存储放置时，温度不能太高也不能太低，更不能忽高忽低

    注意3.土壤：见干见湿的土壤湿度最为适宜，根据土壤情况施用菌肥，，土壤酸碱度也要注意，微生物菌肥当中的部分微生物菌，比如根瘤菌和固氮菌，土壤呈中性和微碱性都可以。微生物菌肥具有降解和转化土壤中有毒物质的能力。这种生物修复是土壤修复的各种措施中最经济有效的措施。

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